Собственно, сюжет как таковой не имеет значения, потому как основной упор игры не на первоклассное использование техник и активность персонажа, а на отношения героев. Все-таки это яойная ролевая.
Тем, кому не особо хочется использовать джутсу и проводить все время в боях и поединках - это ролевая для вас.
Вот примерное время событий: недавно закончился экзамен на чунина. Третий Хокаге убит Орочимару, Джирайя с Наруто уговорили Цунаде занять пост Хокаге. Саске в сомнениях, почти решился на отчаянный поступок - побег, - однако все еще остается в Конохе.
Об Акацки вестей нет, но организация уже начала реализовывать планы по захвату бижу. Таким образом, АНБУ собирают информацию об этой организации. Общая ситуация в остальных селениях (политически и экономически) довольно шатка.
Будущее счастье и процветание деревень в руках героев.